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需要查询或浏览 EMBL-EBI OLS 生物医学本体术语…

在需要搜索、解析或浏览 EMBL-EBI Ontology Lookup Service 中的生物医学本体术语、定义、层级、属性、个体、自动补全或本体元数据/统计时使用。

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GDI C 35/100

进化评分（GDI）

综合排序依据 —— 四个维度的加权结果，让你看出「为什么这条排在前面」

内在质量 55/100 ×0.35

使用度 0/100 ×0.30

口碑 50/100 ×0.20

新鲜度 38/100 ×0.15

适用场景

需要查询或浏览 EMBL-EBI OLS特定

解决思路

始终使用 `scripts/` 下提供的 utility script 进行所有 API 交互（包括状态检查），绝不要用 `curl` 或自定义 Python requests 直接查询 API。
遵守 EBI Terms of Use，最大 5 requests per second；提供的 utility scripts 会自动执行该限制。
如果使用此 skill，确保在输出中提及。
查询疾病、表型或术语定义：`get_term.py --obo_id <ID> --summary`。
查询术语子类型或 children：`get_term.py --obo_id <ID> --relations children`。
查询术语 parent：`get_term.py --obo_id <ID> --relations parents`。
查询 ancestors、疾病分类或 classified under：`get_term.py --obo_id <ID> --relations ancestors`。
查询 ontology root terms：`get_term.py --ontology <id> --roots`。
查询 hierarchical parents（is-a + part-of）：`get_term.py --obo_id <ID> --relations hierarchicalParents`。
查询 structures part of 或 hierarchical children：`get_term.py --obo_id <ID> --relations hierarchicalChildren`。
比较 direct parents 与 hierarchical parents：`get_term.py --obo_id <ID> --relations parents,hierarchicalParents`。
搜索术语，例如在 GO 中搜索 apoptosis：`search_ols.py --query "..." --ontology <id>`。
查找匹配某功能的 GO term：`search_ols.py --query "..." --ontology go --exact`。
在 MONDO、CHEBI、CL、UBERON 中搜索：`search_ols.py --query "..." --ontology <id> --defining`。
分页搜索或下一页：`search_ols.py --query "..." --rows N --start <offset>`。
自动补全部分名称：`suggest_ols.py --query "..."`。
获取 ontology metadata，例如 EFO info：`get_ontology.py --id <id>`。
获取 OLS index statistics：`get_stats.py`。
多步查询时，如果用户给出术语名但不知道 OBO ID，只在最合适的单一 ontology 中搜索，不要跨多个 ontology，并正好分为 2 步：第 1 步搜索：`search_ols.py --query "myocardial infarction" --ontology doid --exact --rows 1 --output /tmp/step1.json`。
多步查询第 2 步：使用第 1 步得到的 OBO ID 获取关系：`get_term.py --obo_id DOID:5844 --relations parents --output /tmp/step2.json`。
Ontology selection rule：常见人类疾病始终用 `doid`，表型用 `hp`，基因功能用 `go`，化学物用 `chebi`，解剖用 `uberon`，细胞类型用 `cl`；只在明确需要跨物种上下文时用 `mondo`。
使用 `search_ols.py` 按关键词搜索 ontology terms 并返回 clean JSON，例如：`uv run scripts/search_ols.py --query "diabetes" --rows 5 --output /tmp/ols_search_results.json 2>/dev/null`。
`--output` 对所有脚本必需；结果始终写入指定文件；输出较大时可用 `--rows` 限制，如 5-10，或用 `--start` 分页。
`search_ols.py` 返回字段包括 `iri`、`label`、`description`、`ontology_name`、`ontology_prefix`、`obo_id`、`short_form`、`type`、`is_defining_ontology`、`exact_synonyms`。
`search_ols.py` 输出包含 `pagination` block，含 `start`、`rows`、`has_more`，用于决定是否获取更多结果。
`search_ols.py --query`：搜索字符串，必需；搜索 labels、synonyms、descriptions 和 identifiers。
`search_ols.py --ontology`：按 ontology ID 过滤，如 `go`、`doid`、`efo`、`hp`；知道搜索哪个 ontology 时推荐使用，避免 250+ ontologies 噪声。
`search_ols.py --type`：按实体类型过滤：`class`、`property`、`individual`、`ontology`。
`search_ols.py --exact`：仅精确 label 匹配；用于 entity resolution，把用户字符串映射到特定 ontology term ID。
`search_ols.py --defining`：仅返回来自定义本体的术语，例如 `GO:0005634` 仅来自 GO，而不是交叉引用副本。
`search_ols.py --obsolete`：在结果中包含 obsolete terms。
`search_ols.py --local`：仅返回定义本体中的术语。
`search_ols.py --childrenOf`：限制为给定 term IRI(s) 的 children，逗号分隔。
`search_ols.py --allChildrenOf`：限制为所有 children，包括 transitive relations（part of、develops from），逗号分隔 IRIs。
`search_ols.py --queryFields`：逗号分隔的要搜索字段，例如 `label,synonym,description`。
`search_ols.py --fieldList`：逗号分隔的返回字段。
`search_ols.py --groupField`：按唯一 IRI 分组结果。
`search_ols.py --isLeaf`：仅返回 leaf terms，即没有 children。
`search_ols.py --rows`：返回结果数，默认 10。
`search_ols.py --start`：分页 offset，默认 0。
`search_ols.py --output`：保存结果的文件路径，必需。
使用 `suggest_ols.py` 对部分术语名获取 autocomplete suggestions，例如：`uv run scripts/suggest_ols.py --query "diabet" --rows 5 --output /tmp/ols_suggest.json 2>/dev/null`。
`suggest_ols.py --query`：要补全的部分术语，必需。
`suggest_ols.py --ontology`：按 ontology ID(s) 过滤，逗号分隔。
`suggest_ols.py --rows`：建议数量，默认 10。
`suggest_ols.py --start`：分页 offset，默认 0。
`suggest_ols.py --output`：保存结果的文件路径，默认 stdout。
使用 `get_term.py` 通过 OBO ID 或 IRI 检索特定 ontology term 的完整详情，例如：`uv run scripts/get_term.py --obo_id "GO:0005634" --output /tmp/ols_term.json 2>/dev/null`。
`get_term.py` 返回字段包括 `iri`、`label`、`description`、`obo_id`、`synonyms`、`ontology_name`、`is_obsolete`、`is_defining_ontology`、`has_children`、`is_root`、`annotation`、`in_subset` 以及请求的 relations。
使用 `--summary` 在 stdout 获取干净、人类可读的摘要（Label、OBO ID、Ontology、Definition、Synonyms）；完整 JSON 始终保存到 `--output` 文件，例如：`uv run scripts/get_term.py --obo_id "GO:0005634" --summary --output /tmp/nucleus_full.json`。
`get_term.py --obo_id`：OBO-style identifier，例如 `GO:0005634`、`DOID:9351`；与 `--iri` 互斥；自动转换为 IRI 并进行 double encoding。
`get_term.py --iri`：term 的完整 IRI；与 `--obo_id` 互斥。
`get_term.py --ontology`：ontology ID；若未提供，则从 `--obo_id` 自动推导。
`get_term.py --relations`：逗号分隔的要获取 relations 列表；Direct（仅 is-a）包括 `parents`、`children`、`ancestors`、`descendants`；Hierarchical（is-a + transitive，如 part of、develops from）包括 `hierarchicalParents`、`hierarchicalChildren`、`hierarchicalAncestors`、`hierarchicalDescendants`；Graph 包括 `graph`，即 term 的完整 graph JSON。
对解剖或发育 ontology（UBERON、CL）使用 hierarchical variants，因为 part of 和 develops from 等 transitive relations 对导航层级很关键。
`get_term.py --roots`：列出 ontology 的 root terms，需要 `--ontology`。
`get_term.py --preferred_roots`：列出 preferred root terms，需要 `--ontology`。
`get_term.py --summary`：在 stdout 输出人类可读摘要，完整 JSON 写入 `--output`。
`get_term.py --output`：保存结果的文件路径，默认 stdout。
使用 `get_property.py` 检索 ontology property（关系类型）详情及层级，例如：`uv run scripts/get_property.py --obo_id "BFO:0000051" --ontology go --output /tmp/ols_property.json 2>/dev/null`。
`get_property.py --obo_id`：property 的 OBO-style ID；与 `--iri` 互斥。
`get_property.py --iri`：property 的完整 IRI；与 `--obo_id` 互斥。
`get_property.py --ontology`：ontology ID；与 `--iri` 一起使用时必需。
`get_property.py --relations`：逗号分隔：`parents`、`children`、`ancestors`、`descendants`。
`get_property.py --roots`：列出 ontology 的 root properties，需要 `--ontology`。
`get_property.py --output`：保存结果的文件路径，默认 stdout。
使用 `get_individual.py` 检索 ontology individual（实例）详情，例如：`uv run scripts/get_individual.py --obo_id "IAO:0000103" --ontology iao --types --output /tmp/ols_individual.json 2>/dev/null`。
`get_individual.py --obo_id`：OBO-style ID；与 `--iri` 互斥。
`get_individual.py --iri`：完整 IRI；与 `--obo_id` 互斥。
`get_individual.py --ontology`：ontology ID；与 `--iri` 一起使用时必需。
`get_individual.py --types`：获取此 individual 的直接 types（classes）。
`get_individual.py --alltypes`：获取所有 types，包括 ancestor classes。
`get_individual.py --output`：保存结果的文件路径，默认 stdout。
使用 `get_ontology.py` 列出可用 ontologies 或检索特定 ontology 详情，例如：`uv run scripts/get_ontology.py --id go --output /tmp/ols_ontology.json 2>/dev/null`。
`get_ontology.py --id`：特定 ontology ID，例如 `go`、`efo`、`doid`；若省略则列出所有 ontologies。
`get_ontology.py --page`：分页页码，默认 0。
`get_ontology.py --size`：每页 ontology 数量，默认 20。
`get_ontology.py --output`：保存结果的文件路径，默认 stdout。
使用 `get_stats.py` 检索 index statistics（总 ontologies、classes、properties、individuals），例如：`uv run scripts/get_stats.py --output /tmp/ols_stats.json 2>/dev/null`。
`get_stats.py --output`：保存结果的文件路径，默认 stdout。
API Reference：见 `references/api_reference.md`，了解常见 ontology IDs、OBO ID 格式和关键 API endpoints。
当有部分术语名时，用 `suggest_ols.py` 自动补全。
用 `search_ols.py` 搜索术语；用 `--defining` 优先权威定义；用 `--exact` 做 entity resolution。
若需要完整详情，用 `get_term.py` 配合 OBO ID 或 IRI；用 `--summary` 获得简洁视图。
要探索术语层级，用 `get_term.py --relations parents,children` 仅获取 is-a；或用 `--relations hierarchicalParents,hierarchicalChildren` 包含 part of 等。
要自顶向下探索，用 `get_term.py --ontology go --roots`。
对 properties 或 individuals，用 `get_property.py` 或 `get_individual.py`。
要发现可用 ontologies，用 `get_ontology.py`。
要检查 OLS index status，用 `get_stats.py`。

适用边界 · 注意事项

不适用于非生物医学本体查询或不需要 EMBL-EBI OLS 的场景。
不适用于无法安装或使用 `uv`、无法运行 `scripts/` 中提供的 utility scripts 的环境。
不适用于不能访问 EMBL-EBI OLS API、不能遵守其许可与最大 5 requests per second 速率限制的场景。